阿利新藍是一種陽離子染料，它與酸性基團形成鹽后，可以使胞質中的酸性粘多糖染成藍色，定位于胞質內。具體來說，阿利新藍與組織內含有的陰離子基團如羧基和硫酸根的酸性粘液物質形成不溶性復合物。在不同的pH值下，阿利新藍可以區分不同類型的粘液物質。例如，在pH值為2.5時，組織內的羧基電離，帶有一個負電荷，與阿利新藍中的陽離子形成鹽鍵，使帶有羧基的組織（如蛋白多糖/透明質酸以及上皮酸性黏蛋白）染色。而在pH值為1.0時，組織內的硫酸根電離，帶有一個負電荷，與阿利新藍中的陽離子形成鹽鍵，使帶有硫酸根的組織（如硫酸黏液物質）染色。中性黏蛋白（如胃黏膜和Brunner腺體部位的中性黏蛋白）不能與阿利新藍反應。
